주택임대사업자 1세대 1주택 비과세 검토

                                                                            작성일자: 2020.2.3
                                                                            작성자: 세림세무법인

Ⅰ. 사실관계
  과거 5년 이상 거주하던 주택A를 현재 임대중이고, 대체 취득한지 2년 반이 경과한 주택B에 거주 중인 상태입니다.

Ⅱ. 양도소득세 검토

1. 거주주택(B) 양도시 양도소득세 비과세 여부
  주택(A)를 임대주택으로 세무서와 구청에 등록한 후 현재 거주하고 있는 주택(B)를 양도하는 경우 소득세법 시행령 155조 20항에 의해서 ‘거주주택'인 주택(B)에 대해 양도소득세 비과세를 적용합니다. 소득세법 시행령 155조 20항에서는 장기임대주택과 그 밖의 1주택을 소유한 1세대가 다음의 각 요건을 충족하고 해당 1주택(거주주택)을 양도하는 경우에는 1세대 1주택으로 본다고 명시하고 있습니다.

①거주주택 요건
  보유기간 중 거주기간이 2년 이상일 것
②장기임대주택 요건
  양도일 현재 주택임대 사업자등록을 하고 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있으며, 임대보증금 또는 임대료의 연 증가율이 5%를 초과하지 않을 것
(이 때, 민간임대주택은 임대개시일 당시 기준시가가 6억원, 수도권 밖 3억원 이내여야 함)

 해당 거주주택 특례는 생애 단 한번만 적용받을 수 있으나, 2019년 2월 12일 이전 취득한 주택에 한해서는 횟수에 제한을 두지 않습니다.
 거주주택 특례를 적용받으려는 자는 거주주택을 양도하는 날이 속하는 과세기간의 과세표준 신고서에 장기임대주택의 임대차계약서, 임차인의 주민등록표등본 등의 서류를 첨부하여 관할 세무서에 제출해야합니다.
 거주주택 특례로 비과세를 적용받았다면 임대주택을 반드시 의무임대기간동안 임대해야하며, 기간요건을 충족하지 못하게 된 때에는 사유가 발생한 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 양도소득세를 납부해야 합니다.

2. 거주주택 비과세 특례 요건 검토 (임대주택이 85㎡이상인 경우 특례 적용 여부)

(1) 임대주택 요건

(2) 결론
  거주주택 특례는 면적에 관계없이 가액요건과 임대료 증액제한 요건 등만 충족할 경우 적용가능하므로 임대주택이 85㎡이상일 경우에도 거주주택에 대해 비과세를 적용받을 수 있습니다.

3. 임대주택(A) 양도시 양도소득세 비과세 여부
 
(1) 의무임대기간 5년 이상 경과되기 전에 양도하는 경우

  ① ‘직전거주주택'인 주택(B)의 양도시 비과세 받았던 부분에 대하여 양도소득세를 추징
  ② 임대주택(A)는 1세대 1주택 비과세 적용 (9억원 초과분에 대해서만 과세)

(2) 의무임대기간 5년 이상 임대 후 양도하는 경우

  ① 소득세법 시행령 154조 10항에 따라 ‘직전거주주택'(주택B)의 양도일 이후 기간분의 양       도차익에 한하여 1주택으로 보아 비과세를 적용. (이 때, 2019.12.17. 이후 등록한 조정대상지역 내 임대주택은 임대주택임에도 불구하고 거주요건 2년이 추가됨)
  ② ‘직전거주주택'(주택B)의 양도일 이전 기간분에 대해서는 임대사업 관련 혜택인 조세특례법상의 장기보유특별공제를 적용하여 과세

[참고] 최종적으로 임대주택을 1채만 보유하게 된 경우에도 직전 거주주택 양도일 이후에 발생하는 양도차익에 대해서만 비과세가 적용됩니다. 따라서 만약 일시적 2주택 비과세 특례와 주택임대사업자의 거주주택 비과세 특례가 중복적용될 경우에는 일시적 2주택 특례를 적용받는 것이 유리하므로, 신규주택 대체취득 후 3년 내 (2018.09.14. 이후 조정대상지역 내 주택은 2년 내) 종전주택을 처분하는 것이 절세에 유리합니다.
 
 

Ⅲ. 관련법령

1. 소득세법 제89조(비과세 양도소득)
① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.  <개정 2014. 1. 1., 2016. 12. 20., 2018. 12. 31.>

1. 파산선고에 의한 처분으로 발생하는 소득
2. 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합(分合)으로 발생하는 소득

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택
-이하중략-

2. 소득세법 시행령 제154조(1세대1주택의 범위)
①법 제89조제1항제3호가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니하며 제4호 및 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 아니한다. 
-중략-
4. 거주자가 해당 주택을 임대하기 위하여 법 제168조제1항에 따른 등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록을 한 경우. 다만, 「민간임대주택에 관한 특별법」 제43조를 위반하여 임대의무기간 중에 해당 주택을 양도하는 경우와 임대보증금 또는 임대료의 연 증가율이 100분의 5를 초과하는 경우는 제외한다.
-중략-
⑩ 제1항에 따른 1세대 1주택이 다음 각 호의 요건에 모두 해당하는 경우에는 제155조제20항 각 호 외의 부분 후단에 따른 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1주택을 보유한 것으로 보아 제1항을 적용한다.  <신설 2011. 10. 14., 2015. 12. 28., 2017. 2. 3., 2018. 2. 13., 2019. 2. 12.>

1. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 임대주택으로 등록하거나 「영유아보육법」 제13조에 따른 가정어린이집 인가를 받은 사실이 있을 것

2. 해당 주택이 제155조제20항 각 호 외의 부분 후단에 따른 직전거주주택보유주택일 것

3. 소득세법 시행령 제155조(1세대1주택의 특례)
 ①국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 "종전의 주택"이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택(이하 이 조에서 "신규 주택"이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택을 취득하고 그 신규 주택을 취득한 날부터 3년 이내[종전의 주택이 조정대상지역에 있는 상태에서 조정대상지역에 있는 신규 주택을 취득{조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 신규 주택(신규 주택을 취득할 수 있는 권리를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 취득하거나 신규 주택을 취득하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우는 제외한다}하는 경우에는 2년 이내]에 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조제1항을 적용한다. 이 경우 제154조제1항제1호, 제2호가목 및 제3호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하는 요건을 적용하지 아니하며, 종전의 주택 및 그 부수토지의 일부가 제154조제1항제2호가목에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우로서 해당 잔존하는 주택 및 그 부수 토지를 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 때에는 해당 잔존하는 주택 및 그 부수토지의 양도는 종전의 주택 및 그 부수토지의 양도 또는 수용에 포함되는 것으로 본다.

<20> 제167조의3제1항제2호 가목부터 바목까지의 규정에 따른 주택(같은 호 가목 단서 및 다목 단서에서 정하는 기한의 제한을 적용하지 아니한다. 이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다) 또는 제167조의3제1항제8호의2에 해당하는 주택(이하 "장기가정어린이집"이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 "거주주택"이라 한다)을 양도하는 경우(장기임대주택을 보유하고 있는 경우에는 생애 한 차례만 거주주택을 최초로 양도하는 경우에 한정한다)에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택이 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하였거나 「영유아보육법」 제13조제1항에 따른 인가를 받아 가정어린이집으로 사용한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 "직전거주주택"이라 한다)이 있는 거주주택(민간임대주택으로 등록한 사실이 있는 주택인 경우에는 1주택 외의 주택을 모두 양도한 후 1주택을 보유하게 된 경우에 한정한다. 이하 이 항에서 "직전거주주택보유주택"이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다.

1. 거주주택: 보유기간 중 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자 등록을 한 날 또는 「영유아보육법」 제13조제1항에 따른 인가를 받은 날 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것

2. 장기임대주택: 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있으며, 임대보증금 또는 임대료의 연 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것

3. 장기가정어린이집: 양도일 현재 법 제168조에 따라 사업자등록을 하고, 장기가정어린이집을 운영하고 있을 것

<21> 1세대가 장기임대주택의 임대기간요건(이하 이 조에서 "임대기간요건"이라 한다) 또는 장기가정어린이집의 운영기간요건(이하 이 조에서 "운영기간요건"이라 한다)을 충족하기 전에 거주주택을 양도하는 경우에도 해당 임대주택 또는 가정어린이집을 장기임대주택 또는 장기가정어린이집으로 보아 제20항을 적용한다. <개정 2018.2.13>

<22> 1세대가 제21항을 적용받은 후에 임대기간요건 또는 운영기간요건을 충족하지 못하게 된(장기임대주택의 임대의무호수를 임대하지 아니한 기간이 6개월을 지난 경우를 포함한다) 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 제1호의 계산식에 따라 계산한 금액을 양도소득세로 신고ㆍ납부하여야 한다. 이 경우 제2호의 임대기간요건 및 운영기간요건 산정특례에 해당하는 경우에는 해당 규정에 따른다. <개정 2012.2.2, 2013.2.15, 2017.2.3, 2018.2.9, 2018.2.13>
1. 납부할 양도소득세 계산식

거주주택 양도 당시 해당 임대주택 또는 가정어린이집을 장기임대주택 또는 장기가정어린이집으로 보지 아니할 경우에 납부하였을 세액 - 거주주택 양도 당시 제20항을 적용받아 납부한 세액

<23> 제20항을 적용받으려는 자는 거주주택을 양도하는 날이 속하는 과세기간의 과세표준신고서와 기획재정부령으로 정하는 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

1. 「민간임대주택에 관한 특별법 시행령」 제4조제4항에 따른 임대사업자 등록증 또는 「영유아보육법」 제13조에 따른 어린이집 인가증

2. 장기임대주택의 임대차계약서 사본
3. 임차인의 주민등록표 등본 또는 그 사본
4. 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 서류

5. 제97조의3(장기일반민간임대주택등에 대한 양도소득세의 과세특례)
① 대통령령으로 정하는 거주자가 2022년 12월 31일까지 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제4호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 같은 법 제2조제5호에 따른 장기일반민간임대주택을 등록하여 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 경우 그 주택(이하 이 조에서 "장기일반민간임대주택등"이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 「소득세법」 제95조제1항에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 같은 조 제2항에도 불구하고 100분의 50의 공제율을 적용한다. 다만, 장기일반민간임대주택등을 10년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우에는 100분의 70의 공제율을 적용한다.  <개정 2014. 12. 23., 2015. 8. 28., 2015. 12. 15., 2018. 1. 16., 2019. 12. 31.>
  1. 8년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우
  2. 대통령령으로 정하는 임대보증금 또는 임대료 증액 제한 요건 등을 준수하는 경우
  ② 제1항에 따른 과세특례는 제97조의4에 따른 장기임대주택에 대한 양도소득세의 과세특례와 중복하여 적용하지 아니한다.  <신설 2018. 12. 24.>
  ③ 제1항에 따라 과세특례를 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 주택임대에 관한 사항을 신고하고 과세특례 적용의 신청을 하여야 한다.  <개정 2018. 12. 24.>
  ④ 제1항에 따른 임대주택에 대한 임대기간의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.  <개정 2018. 12. 24.>

Ⅳ. 예규 및 질의회신

1. 사전법령해석재산 2017-394, 2017.06.29

「소득세법 시행령」 제167조의3제1항제2호에 따른 주택(이하 “장기임대주택”이라 한다)과 2년 이상 보유 및 거주한 그 밖의 주택(이하“거주주택”이라 한다) 1개를 보유하는 1세대가 거주주택을 취득한 날로부터 1년 이상이 지난 후에 새로운 주택(이하“대체주택”이라 한다)을 취득하고 대체주택을 취득한 날부터 3년 이내에 거주주택을 양도하는 경우에는 「소득세법」 제89조제1항제3호 및 같은 법 시행령 제155조제1항에 따라 1세대1주택 비과세가 적용되는 것입니다.

다만, 1세대1주택 비과세를 적용받은 후 장기임대주택의 임대기간요건을 충족하지 못하게 된 경우에는 「소득세법 시행령」 제155조제22항에 따라 해당 사유가 발생한 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 해당 임대주택을 장기임대주택으로 보지 아니할 경우에 추가로 납부하였어야 할 양도소득세를 납부하여야 하는 것입니다.

2. 국세청 상담사례
(1)
◯질의
저는 현재 다음과 같이 아파트 2채를 가지고 있습니다.
1. 2001년에 안양시 만안구의 A아파트(85㎡)를 11500만원에 분양받고 6년 이상 실거주 했습니다. (현 기준시가 34500만원)
2. 2010년에 안양시 동안구 (조정지역)의 B아파트(128㎡)를 67800만원에 매입하고 9년 실거주 했습니다. (현 기준시가 56700만원)
3. 양도세 절세를 위하여 임대사업자등록하고 B아파트를 장기임대(8년) 하려고 합니다.

이때,
- A아파트를 비과세 혜택을 받으려면 B아파트 임대기간에만 A아파트를 팔아야 하는지요?
- A아파트를 비과세로 양도 후, B아파트 임대기간 만료 후 B아파트를 팔 때는 (임대주택의 장기보유특별공제 특례가 아닌) 1가구 1주택으로써 15년 이상 보유 시, 80%의 장기보유특별공제를 받을 수 있는지요?

◯답변
임대아파트 양도시 주택보유 현황에 따르겠지만 임대주택이 1주택이라면 거주주택 비과세 양도일 이후 기간에 대해서 비과세를 적용하며 , 과세부분에 대해서는 임대사업과 관련한 혜택인 장기보유특별공제를 적용한 후 비과세부분에 대해서서 거주기간에 따라 장기보유특별공제가 적용되는것으로 사료됩니다.
즉, 1가구1주택 전체에 대한 80%장기보유특별공제는 아닙니다.

(2)
◯질의
다음과 같이 주택을 보유 매각시 양도소득세 비과세 여부에 대한 질의입니다.
-A아파트 : 경기 용인 수지구 소재, 2003.6월 매입 후 현재 임대 중(123.94제곱미터, 전세대원 2년 이상 거주, 2019년 기준시가 4억 이하)
-B아파트 : 경기 수원 영통구 소재, 2018.6월 매입 후 동일자로 관할시와 세무서에 준공공임대주택 및 부동산임대업 등록(전용 59.76제곱미터, 임대등록시 기준시가 3억 이하)
-C겸용주택 : 경기 수원 팔달구 소재, 2018.7.25. 매입 후 전세대원 거주 중(주택면적<상가면적, 기준시가 4억 이하)
질의1)A아파트를 C겸용주택 매입일로부터 3년이내 매각시 1세대1주택으로 보아 양도소득세가 비과세 되는지요?(A아파트 및 C겸용주택 소재지가 2018.12.31.자로 조정지역 지정)
질의2)A아파트 매각 후 C겸용주택을 매입일로부터 전세대원이 2년이상 거주 후 매각시에도 동 겸용주택의 주택부분은 1세대1주택으로 보아 양도소득세 비과세가 적용되는지요?
질의3)질의1 및 질의2가 양도소득세 비과세 되는 경우 그 기간에 대해서는 B임대주택을 10년 이상 운영하고 매도할 경우에도 양도소득세 비과세 적용이 배제 되는 것인지요?

◯답변
(질문1)
1)소득세법 시행령 제155조 제20항 규정에 의거하여 A주택 양도일 현재 B주택을 소득세법상 장기임대주택 요건을 갖추어 임대중인 경우로서, 양도 당시 A주택이 2년 이상 보유·거주한 거주주택인 경우에 거주주택 특례가 적용되어 1세대 1주택 비과세 규정이 적용될 것으로 사료됩니다.(단, 양도가액 9억원 초과분은 과세)
2) [일시적 2주택과 결합]A주택 양도일 현재 B주택을 소득세법상 장기임대주택으로 임대중인 경우로서, A주택을 1년 이상 보유 후 C주택을 취득하고 C주택을 취득한 날부터 3년 이내에 A주택을 양도하는 경우 일시적 2주택이며, 양도 당시 A주택이 2년 이상 보유·거주한 거주주택인 경우에 거주주택 특례가 함께 적용되어 1세대 1주택 비과세 규정이 적용되는 것으로 판단됩니다.
(질문2)
C주택의 경우에도 2019년 2월 12일 이전에 취득한 주택에 해당하므로, 2년이상 거주요건을 충족하는 경우에는 소득세법 시행령 제155조 제20항에 의하여 비과세가 9억원까지 적용될 것으로 판단됩니다.
(질문3)
해당 임대주택의 의무임대기간이 경과 후 2년이상 거주한 후 양도할 경우, 직전 거주주택의 양도일 이후의 소득에 한하여 비과세가 적용됩니다.

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