종교단체의 양도소득세

작성일 : 2020. 11. 24. 작성자 : 김대원 세무사

1. 개요

교회가 사용하는 종교시설 등 부동산을 양도할 경우와 관련된 세금 과세 체계에 대해 간단히 살펴보고자 한다.

2. 납세의무의 판단

(1) 법인격 구분에 따른 과세여부 :

① 법인으로 보는 단체

1) 비영리법인으로 보아 양도자산이 고유목적사업에 직접 3년 이상 사용한 경우 과세제외.

2) 이 외의 경우는 법인세로 과세 (토지 등 양도소득에 대한 법인세 납세의무 있음)

② 1거주자로 보는 단체 → 양도소득세 과세

cf) * 사업자등록 번호 ***-89-***** (1거주자)

** 사업자등록 번호 ***-82-***** (법인)

(2) 법인격 구분

*법인으로보는 단체 승인 시 필요서류 :

①법인으로 보는 단체 승인 신청서

②정관

③소속증명서

④대표자증명서

⑤토지 및 건축물 소유관련자료, 임대차계약서 등

(3) 양도소득과세대상자산 특례(비영리법인) :

① 대상: 사업소득 수익사업 없는 비영리법인

② 특례: 양도소득세 과세대상 자산의 양도소득은 법인세 과세표준에 포함하지 않고 양도소득세 규정을 준용하여 산출한 세액을 법인세로 하여 예정신고 및 자진납부하는 방법을 선택할 수 있음.

3. 고유목적 사업 3년 사용한 고정자산 판단례

1) 목사에게 제공한 사택 : 법인으로 보는 교회가 소유한 부동산중 종교의 보급 기타 교화를 위하여 목사에게 제공한 사택으로서 3년 이상 사용한 것은 조세감면규제법 제74조제1항제2호의 규정에 의한 "고유목적에 직접 사용한 토지등"으로 보는 것입니다.

[법인46012-1972 (1997.07.18.)]

2) 공통으로 사용한 자산 : 비영리내국법인이 수익사업과 3년 이상 고유목적사업에 공통으로 사용하던 고정자산을 처분하여 발생하는 양도차익은 수익사업과 고유목적사업에 해당하는 양도차익을 안분하여 수익사업 부문에 해당하는 금액을 익금산입

[사전-2016-법령해석법인-0194(2016.12.22.)]

3) 교회의 부속 주차장 : 법인격이 없는 단체가「국세기본법」제13조 제2항 각 호의 요건을 갖춘 것으로서 대표자 또는 관리인이 관할세무서장에게 신청하여 승인을 받은 경우에는 해당 단체를 법인으로 보아「국세기본법」과 세법을 적용하는 것이며, 비영리내국법인인 교회가 처분일 현재 3년 이상 계속하여 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용하던 주차장을 처분하여 발생하는 수입에 대하여는「법인세법」제3조제3항제5호와 같은 법 시행령 제2조제2항에 따라 각 사업연도 소득에 대한 법인세가 과세되지 않는 것이나, 귀 사전답변 신청의 경우, 교회 주차장이 실제 교회의 고유목적사업에 직접 사용되었는지 여부는 사실판단할 사항임

[법규법인2014-97]

4) 법인으로 보는 단체로 승인받기 전부터 직접 사용한 경우 : 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용 여부 판단시 법인으로 보는 단체로 승인 받기 전부터 사실상 고유목적사업에 직접 사용한 때에는 고유목적사업에 직접 사용한 날부터 기산하여 판단

[법인, 서면인터넷방문상담2팀-904,2006.05.22.]

5) 다른 사람 명의로 취득한 자산의 경우 : 법인으로 보는 단체로 승인 받기 이전에 주지스님 명의로 취득한 후 계속하여 고유목적사업에 사용한 건물과 토지를 양도하는 경우 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 고유목적사업에 사용 여부를 판단할 때 고유목적사업에 직접 사용한 날부터 기산하는 것임

[법인, 서면인터넷방문상담2팀-2152,2006.10.25.]

6) 종업원 거주용 아파트 : 고유목적사업을 수행하는 종업원의 주거용도로 3년 이상 계속 사용한 아파트를 양도시 법인세가 과세되지 아니함

[법인, 재법인-197,2003.12.10.]

7) 종중이 소유한 임야의 과실을 제사용으로 사용할 경우: 과수를 경작하여 생기는 과실로 제사 등에 사용하였다는 사실만으로는 고유목적사업에 직접 사용한 것으로 볼 수 없으며, 고유목적사업에 사용하였는지에 대하여는 토지의 이용실태 등 실질내용에 따라 종합적으로 사실판단할 사항입니다.

[법인, 서이46012-11683,2002.09.09]

4. 관련법령

○ 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】(중 략)

② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. (1998. 12. 28. 개정)(중 략)

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 (1998. 12. 28. 개정)

○ 법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】

② 법 제3조제3항제5호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지·관리 등을 위한 관람료·입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다. <개정 2009.2.4, 2011.6.3>

○ 법인세법 제62조의 2 【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례】

① 비영리내국법인(제3조 제2항 제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하는 비영리내국법인을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조 제2항 제4호 및 제5호의 수입으로서 다음 각호의 1에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 “자산양도소득”이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제14조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다. (2001. 12. 31. 신설)

1. 「소득세법」 제94조 제1항 제3호의 규정에 해당하는 주식 또는 출자지분과 대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분 (2006. 12. 30. 개정)

2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다) (2001. 12. 31. 신설)

② 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 「소득세법」 제92조의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 동법 제104조 제1항 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 동법 제104조 제4항의 규정에 의하여 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의 2를 적용하지 아니한다. (2006. 12. 30. 개정) (이하생략)

〇 소득세법 제1조 【납세의무】

① 다음 각 호의 1에 해당하는 개인은 이 법에 의하여 각자의 소득에 대한 소득세를 납부할 의무를 진다. (1994.12.22. 개정)

1. 국내에 주소를 두거나 1년 이상 거소를 둔 개인(이하

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