매입자발행세금계산서 절차

작성일 : 2021.10.29

작성자 : 장호연 세무사

Ⅰ. 개요

매입자발행세금계산서란 세금계산서 발행의무가 있는 사업자(일반과세자)가 재화 또는 용역을 제공하고 세금계산서 발급시기에 세금계산서를 발급하지 아니한 경우(사업자의 부도·폐업 등으로 사업자가 수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서를 발급하지 아니한 경우를 포함한다.) 그 재화 또는 용역을 공급받은 자(매입자)가 관할 세무서장의 확인을 받아 세금계산서를 발행할 수 있는 제도를 말한다.

(*)취지: 경제적으로 우월한 지위에 있는 재화 또는 용역의 공급자가 과세표준이 노출되는 것을 피하기 위해 세금계산서를 발행하지 않는 사례를 방지하기 위한 것임. (출처: 국세청)

Ⅱ. 요건

매입자발행세금계산서를 발행하기 위해서는 다음의 요건을 모두 충족하여야 한다.

1. 재화 또는 용역을 공급하는 자가 부가가가치세법상 일반과세자여야 한다.

(이때, 영수증발급대상 사업자 중 사업자가 사업자등록증을 제시하고 세금계산서 발행을 요구하는 경우 세금계산서를 발급하여야 하는 사업자와 세금계산서 발급의무 면제 사업자 중 역무 외 역무를 제공하거나 고정자산을 양도하는 경우에 세금계산서 발급을 요청하는 경우도 포함)

2. 신청하려는 해당 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간 종료일로부터 6개월 이내에 거래사실 확인신청서와 거래사실을 객관적으로 증명할 수 있는 서류를 첨부하여 신청인관할 세무서장에게 확인을 신청하여야 한다.

3. 해당 거래가 거래건당 공급대가가 10만 원 이상인 경우로 한다.

Ⅲ. 절차

 매입자발행세금계산서의 발행 절차는 다음과 같다.

 1. 매입자발행세금계산서를 발행하려는 자(신청인)는 해당 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일로부터 6개월 이내에 거래사실 확인신청서와 거래사실을 객관적으로 증명할 수 있는 서류를 첨부하여 신청인 관할 세무서장에게 거래사실 확인 신청을 하여야 한다.

2. 신청을 받은 관할 세무서장은 신청서에 공급자의 인적사항이 부정확하거나 기재사항의 흠이 있는 경우 신청일로부터 7일 이내에 일정한 기간을 정하여 보정요구를 할 수 있다.

3. 신청인 관할 세무서장은 다음에 해당하지 않는 경우에는 거래사실 확인신청서가 제출된 날부터 7일 이내에 신청서와 제출된 증빙서류를 공급자 관할 세무서장에게 송부하여야 한다.

① 신청인이 보정요구에 응하지 않은 경우

② 신청기한을 넘긴 것이 명백한 경우

③ 신청서 내용을 보아 거래 당시에 공급자가 미등록사업자, 휴·폐업자인 상태에서의 거래인 경우

4. 신청서를 교부받은 공급자 관할 세무서장은 신청인의 신청내용, 제출된 증빙자료를 검토하여 거래사실여부를 확인한다.

5. 공급자 관할 세무서장은 거래사실의 확인여부에 따라 다음에 따른 통지를 공급자와 신청인 관할 세무서장에게 하여야 한다.

① 거래사실이 확인되는 경우: 공급자 및 공급받는 자(신청인)의 사업자 등록번호, 작성연월일, 공급가액 및 부가가치세액 등을 포함한 거래사실 확인 통지

② 거래사실이 확인되지 않는 경우: 거래사실 확인불가 통지

6. 신청인 관할 세무서장은 공급자 관할 세무서장에게 통지를 받은 후 즉시 신청인에게 확인결과를 통지하여야 한다.

7. 거래사실 확인 통지를 받은 신청인은 공급자 관할 세무서장이 확인한 거래일자를 작성일자로 하여 매입자발행세금계산서를 발행하여 공급자에게 교부한다. (교부를 하지 않더라도 거래사실 확인 통지를 받은 경우에는 신청인이 공급자에게 매입자발행세금계산서를 교부한 것으로 본다)

Ⅳ. 매입자발행세금계산서의 효력

거래사실을 확인받아 매입자발행세금계산서를 교부하거나 교부한 것으로 보는 경우에는 부가가치세 예정신고, 확정신고 또는 경정청구를 할 때 매입자발행세금계산서의 부가가치세액은 해당 재화 또는 용역의 공급시기에 해당하는 과세기간의 매출세액 또는 납부세액에서 매입세액에서 공제받을 수 있다.

Ⅴ. 실무적용

매입자발행세금계산서를 교부하기 위해서는 다음과 같은 확인절차가 필요하다.

1. 매입자발행세금계산서를 교부하려는 공급자가 세금계산서 발급의무가 있는 사업자인지

파악

2. 거래사실을 증명할 수 있는 객관적인 증빙이 확보가 됐는지 파악

3. 요건을 충족할 수 있는지 검토 (거래 건당 10만원 이상인지, 공급일이 속하는 과세기간종료일로부터 6개월 이내인지, 서식은 올바르게 작성했는지 등)

매입자발행세금계산서는 입증책임이 신청인에게 있어 신청인이 객관적인 증빙이 없는 경우에는 이러한 혜택을 받기 힘든 어려움이 있다.

※관련법령

부가가치세법 제34조의 2

① 제32조에도 불구하고 납세의무자로 등록한 사업자로서 대통령령으로 정하는 사업자(이하 이 항에서 “사업자”라 한다)가 재화 또는 용역을 공급하고 제34조에 따른 세금계산서 발급 시기에 세금계산서를 발급하지 아니한 경우(사업자의 부도·폐업 등으로 사업자가 수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서를 발급하지 아니한 경우를 포함한다) 그 재화 또는 용역을 공급받은 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 세무서장의 확인을 받아 세금계산서를 발행할 수 있다.

② 제1항에 따른 세금계산서(이하 “매입자발행세금계산서”라 한다)에 기재된 부가가치세액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 제37조, 제38조 및 제63조 제3항에 따른 공제를 받을 수 있는 매입세액으로 본다.

③ 제1항 및 제2항에서 정한 사항 외에 매입자발행세금계산서의 발급 대상 및 방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

부가가치세법시행령 제73조 제3항 및 4항

③ 제1항 제1호부터 제3호까지, 제5호(「여객자동차 운수사업법 시행령」 제3조 제2호 가목에 따른 전세버스운송사업으로 한정한다), 제7호, 제8호, 제12호 또는 제14호의 사업을 하는 사업자와 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우로서 그 재화 또는 용역을 공급받는 사업자가 법 제36조 제3항에 따라 세금계산서의 발급을 요구하는 경우에는 세금계산서를 발급해야 한다.

④ 제1항 제4호, 제5호(「여객자동차 운수사업법 시행령」 제3조 제2호 가목에 따른 전세버스운송사업은 제외한다), 제6호 또는 제9호부터 제11호까지의 사업을 하는 사업자가 감가상각자산을 공급하거나 제1항 각 호ㆍ제2항 각 호에 따른 역무 외의 역무를 공급하는 경우로서 그 재화 또는 용역을 공급받는 사업자가 법 제36조 제3항에 따라 세금계산서의 발급을 요구하는 경우에는 세금계산서를 발급해야 한다.

부가가치세법시행령 제71조의 2

① 법 제34조의2 제1항에서 "대통령령으로 정하는 사업자"란 법 제32조에 따른 세금계산서 발급의무가 있는 사업자(제73조 제3항 및 제4항에 따라 세금계산서 발급의무가 있는 사업자를 포함한다)를 말한다.

② 법 제34조의2 제2항에 따른 매입자발행세금계산서를 발행하려는 자(이하 이 조에서 "신청인"이라 한다)는 해당 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일부터 6개월 이내에 기획재정부령으로 정하는 거래사실확인신청서에 거래사실을 객관적으로 입증할 수 있는 서류를 첨부하여 신청인 관할 세무서장에게 거래사실의 확인을 신청하여야 한다.

③ 제2항에 따른 거래사실의 확인신청 대상이 되는 거래는 거래건당 공급대가가 10만원 이상인 경우로 한다.

④ 제2항에 따른 신청을 받은 관할 세무서장은 신청서에 재화 또는 용역을 공급한 자(이하 이 조에서 "공급자"라 한다)의 인적사항이 부정확하거나 신청서 기재방식에 흠이 있는 경우에는 신청일부터 7일 이내에 일정한 기간을 정하여 보정요구를 할 수 있다.

⑤ 신청인이 제4항의 기간 이내에 보정요구에 응하지 아니하거나 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 신청인 관할 세무서장은 거래사실의 확인을 거부하는 결정을 하여야 한다.

1. 제2항의 신청기간을 넘긴 것이 명백한 경우

2. 신청서의 내용으로 보아 거래 당시 미등록사업자 또는 휴ㆍ폐업자와 거래한 것이 명백한 경우

⑥ 신청인 관할 세무서장은 제5항에 따른 확인을 거부하는 결정을 하지 아니한 신청에 대해서는 거래사실확인신청서가 제출된 날(제4항에 따라 보정을 요구하였을 때에는 보정이 된 날)부터 7일 이내에 신청서와 제출된 증빙서류를 공급자 관할 세무서장에게 송부하여야 한다.

⑦ 제6항에 따라 신청서를 송부받은 공급자 관할 세무서장은 신청인의 신청내용, 제출된 증빙자료를 검토하여 거래사실여부를 확인하여야 한다. 이 경우 거래사실의 존재 및 그 내용에 대한 입증책임은 신청인에게 있다.

⑧ 공급자 관할 세무서장은 신청일의 다음 달 말일까지 거래사실여부를 확인한 후 다음 각 호의 구분에 따른 통지를 공급자와 신청인 관할 세무서장에게 하여야 한다. 다만, 공급자의 부도, 일시 부재 등 기획재정부령으로 정하는 불가피한 사유가 있는 경우에는 거래사실 확인기간을 20일 이내의 범위에서 연장할 수 있다.

1. 거래사실이 확인되는 경우: 공급자 및 공급받는 자의 사업자등록번호, 작성연월일, 공급가액 및 부가가치세액 등을 포함한 거래사실 확인 통지

2. 거래사실이 확인되지 아니하는 경우: 거래사실 확인불가 통지

⑨ 신청인 관할 세무서장은 공급자 관할 세무서장으로부터 제8항의 통지를 받은 후 즉시 신청인에게 그 확인결과를 통지하여야 한다.

⑩ 제9항에 따라 신청인 관할 세무서장으로부터 제8항 제1호에 따른 거래사실 확인 통지를 받은 신청인은 공급자 관할 세무서장이 확인한 거래일자를 작성일자로 하여 매입자발행세금계산서를 발행하여 공급자에게 교부하여야 한다.

⑪ 제10항에도 불구하고 신청인 및 공급자가 관할 세무서장으로부터 제8항 제1호의 통지를 받은 때에는 신청인이 매입자발행세금계산서를 공급자에게 교부한 것으로 본다.

⑫ 제10항 또는 제11항에 따라 매입자발행세금계산서를 공급자에게 교부하였거나 교부한 것으로 보는 경우 신청인은 법 제48조에 따른 예정신고, 법 제49조에 따른 확정신고 또는 「국세기본법」 제45조의2 제1항에 따른 경정청구를 할 때 기획재정부령으로 정하는 매입자발행세금계산서합계표를 제출한 경우에는 매입자발행세금계산서에 기재된 매입세액을 법 제37조, 제38조 및 제63조 제3항에 따라 해당 재화 또는 용역의 공급시기에 해당하는 과세기간의 매출세액 또는 납부세액에서 매입세액으로 공제받을 수 있다.

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